どのサイト様も有益な情報ばっかりですのでお勧めです。
http://www.clip-studio.com/clip_site/
「CLIP | 創作活動応援サイト」
トップページ⇒使い方講座⇒「Metasequoia 使い方講座」⇒3Dでキャラクターを作ってみよう!
http://ktg.xii.jp/mqo/
「メタセコイア初心者講座 - KT爺メタセコイア指南書」
http://yuu.bambina.jp/
「stray★star」
入り口⇒トップページ⇒MMD用自作データ置き場⇒無料ソフトのみでPMDモデル作成
http://www6.atwiki.jp/vpvpwiki
VPVP wiki
トップページ⇒モデルデータ作成までの流れ
http://www.nicovideo.jp/watch/sm5704549
【MikuMikuDance】踊る自作モデル(PMD)作成の基礎